研究发现，瓦楞纸箱加工过程中进行了降低微生物交叉污染的防护，从而可以延长产品的保质期，确保高质量包装水果，较低的细菌污染减少了食品源性疾病的风险，增加了水果的新鲜度、气味、外观及口感的保持。
零售商主要关心的是新鲜农产品的微生物污染问题，比如病原菌会使人生病，腐败菌会缩短食物的保质期等，因此，瓦楞纸箱加工时解决了这些问题是对他们很大的帮助。
了解到瓦楞纸箱在包装和运输时是非常卫生的。另外，瓦楞纸箱不仅可以起到缓冲作用从而保护所包装的产品，如果包装时被污染或者新鲜产品在运输过程中开始腐烂，瓦楞纸箱还能够减少污染物的扩散。瓦楞纸箱包可延长食品保质期的能力意味着可显著降低损耗。
瓦楞纸箱加工技术主要研究了产品和包装之间微生物的转换，特别研究了不同的包装材料对交叉污染产生的影响。结果表明，瓦楞纸箱的水果质量优于PVC包装的水果，体现在含有较少的病原菌和腐败菌。
与瓦楞纸箱包装的水果相比，塑料包装的水果(桃子)通常会早48-72小时达到腐烂水平。实验过程中也将其他影响因素考虑在内，如贮存温度、销售前的时间长短、桃子表面损坏程度等。研究结果表明，研究中所考虑的因素都会影响从包装材料到水果的微生物迁移，但腐败微生物的迁移在瓦楞纸箱包装中始终较低。
瓦楞纸箱加工技术不容小觑，就瓦楞纸箱包装的水果与塑料包装的水果的研究结果公开后，随之而来的是对PVC卫生情况的关注。研究表明，典型的工业清洗程序不能充分消毒，即使是清洁之后，沙门氏菌细胞仍残留在塑料箱内。
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